overgedragen naar de federale overheid, waar het tot 2008 ressorteerde onder het Ministerie van Volksgezondheid. In 2003 werd het Pasteur Instituut, na meer dan acht jaar fel protest van de Belgische en de internationale wetenschappelijke gemeenschap, ondergebracht bij het "Wetenschappelijk Instituut Volksgezondheid" (WIV) onder de naam "Departement Pasteur Instituut".

Omwille van de specifieke opdrachten, de naambekendheid, het roemrijk verleden en de internationale uitstraling van het Belgisch Pasteur Instituut, werd, in 2003, door de toenmalige Ministerraad een aantal maatregelen getroffen om zijn autonomie, zijn naam en zijn opdrachten te vrijwaren en zijn verdere ontwikkeling als herkenbare entiteit te waarborgen. Deze maatregelen werden onafgebroken bekritiseerd en aangevochten door de administratieve overheden en de directie van het WIV. Op 16 december 2007 werd andermaal met de steun van de wetenschappelijke gemeenschap een petitie gelanceerd om het Pasteur Instituut te redden. Deze petitie diende echter vroegtijdig stopgezet te worden. Inderdaad, op 20 december 2007 werd er een ministeriële beslissing genomen (als koninklijk besluit gepubliceerd in het Belgisch Staatsblad van 5 februari 2008) waarbij de opdrachten en de naam van het Pasteur Instituut werden opgeheven. Hierdoor kwam er definitief een einde aan het voortbestaan van het Pasteur Instituut in België.